杀菌剂的发展史，大致可分为四个时期。
　　1、第一个时期（上古时期到1882年）
　　该时期主要是以元素硫为主的无机杀菌剂时期。在古希腊时期，人们就知道把元素硫作为杀菌药物来使用。1802年，出现了石灰-硫磺合剂应用于防治果树白粉病。此后，硫杀菌剂在欧洲和美国进一步得到应用。在此期间，无机汞和无机铜也开始用作杀菌，只是没有硫那样广泛。例如，1705年升汞（hgcl3）开始用于木材防腐和种子消毒。1761年，出现了使用硫酸铜用于防治小麦黑穗病的情况。
　　2、第二个时期（1882到1934年）
　　这个时期主要应用的傻聚集是无机铜，所以也称之为铜时期。该时期因为已有少数的有机杀菌剂出现，所以又被说成是无机杀菌剂向有机杀菌剂的过度时期。该时期主要应用的杀菌剂有波尔多液、固体碱性铜以及再次复兴的硫黄、石硫合剂和种子处理剂等，其中波尔多液占有重要的地位，当时它主要用于防止葡萄的霜霉病。
　　3、第三个时期（1934到1966年）
　　是保护性的有机杀菌剂大量使用时期。为了寻找原料丰富、高效、便宜以及对植物安全的铜、汞代用品，人们开始致力于有机杀菌剂的研究。1934年，一类结构全新的化合物，即二硫化氨基甲酸衍生物（福美类）的出现。1942年出现了有效的种子处理剂四氯苯醌，随后又出现了更为有效的2，3-二氯苯醌。1943年，另一类二硫化铵垫甲酸酯类，即1.2-亚乙基双二硫化铵基甲酸衍生物（代森类）和福美类一起作为广谱、防效稳定、价格低廉的保护性杀菌剂，在相当长的一段时间里居于有机杀菌剂的主导地位，至今仍为世界上生产吨位最大的有机杀菌剂。1952年，含有三氯甲硫基（-SCCL3）杀菌剂，如克菌丹问世，随后又出现了灭菌丹。此外，还发现了某些抗菌素，如稻瘟散、放线菌酮、灰黄霉素、链霉素等。上述这些保护性杀菌剂的缺点是缺乏或没有内吸性。
　　4、第四个时期
　　是指1966年到现在。这一时期的特点是内吸性有机杀菌剂的出现和广泛应用，根据苯类杀菌剂的发展，大致又分为以下三个阶段。
　　（1）探索阶段（1966年以前）
　　在这个时期中，提出了內吸杀菌剂的发展的可能性和问题，也有少数获得可供大田生产使用的化合物。其中磺胺类和某些抗菌素可作为代表性的内吸性杀菌剂。
　　（2）突破阶段（1966到1970年）
　　远在20世纪50年代初就进行了有机内吸性杀菌剂的研究，但是较长的一段时间里，内吸性杀菌剂的研究扔远远落后于內吸杀虫剂。20世纪60年代中期是杀菌剂发展史上的一个转折点。这一时期涌现出许多有实用价值的内吸性杀菌剂新品种，如以萎锈灵为代表的丁烯酰胺类，以苯菌灵为代表的苯丙咪挫类，以甲菌啶、乙菌啶为代表的嘧啶类等。这个时期内吸性杀菌剂大都为上行性的，大都对藻菌纲真菌无效。
　　（3）进展阶段（1970年至今）
　　该时期不论是防治谱的扩大方面，还是在防治水平的提高以及更优良特性的品种出现方面，都有了较大的进展。归纳起来，有五个特点。
　　出现了不少能防治藻菌纲真菌病害的品种，如甲霜灵、卵菌灵等。出现了下行和双向内吸性杀菌剂，如乙磷铝（双向）等。出现了长效品种，如甲霜灵（21周）；具有手性的内吸性杀菌剂增多，如甲霜灵、三唑酮、多效唑、戒律三唑醇等。其中，最引人注目的是三唑类化合物。